Batman: Arkham Origins Blackgate выполнен в виде 2.5D экшена в стиле Metroid. События игры начинаются с момента окончания сюжета Batman: Arkham Origins, а местом действия выступает исправительная колония Blackgate, расположенная на острове. Заключенные начинают восстание, и Бэтмен отправляется, чтобы его остановить.

В отличие от консольной версии, Batman: Arkham Origins Blackgate не сфокусирован на повышении уровня способностей главного героя – вместо это нужно находить улучшения. Несмотря на то, что большую часть времени Бэтмен может перемещаться только в одной плоскости, иногда есть возможность взаимодействия с объектами на фоне – например, можно запрыгнуть на изваяние горгульи, находящееся на заднем плане локации.

Боевая система похожа на используемую в Batman: Arkham Origins – нужно вовремя нажимать соответствующие кнопки для атаки, контратаки и использования гаджетов. Из последних в игре представлены Бэтаранг (оглушение врагов, поражение объектов на расстоянии), Line Launcher (для пересечения больших ущелий) и Взрывной Гель (для взаимодействия с игровым миром).