События Risen 2: Dark Waters развиваются спустя три года после окончания оригинальной игры Risen. Яростные титаны практически полностью уничтожили мир, и человечество оказалось на волоске от полного вымирания. После этого с глубин моря начали выползать чудовищные создания, и теперь никто не осмеливается выходить в море. Герой первой части теперь стал одним из «Инквизиции», которым поставлена задача остановить хаос, принесенный созданиями с глубин.
Игровой процесс Risen 2: Dark Waters совмещает в себе как РПГ элементы из первого Risen, так и новшества, принесенные обновленным сеттингом.